В начале фильма кто-то похищает образцы секретного Т-вируса из военной лаборатории и во время побега умышленно разбивает одну колбу со штаммом. Срабатывает система защиты, центральный компьютер, во избежание распространения вируса, запирает заражённых людей в помещениях комплекса и убивает их, запустив в помещения газ.
Чуть позже некто Элис приходит в себя в душе в огромном особняке. Она не помнит, кто она. Во время осмотра особняка она встречает полицейского Мэтта Эдисона. В особняк проникает отряд коммандос. Командир отряда пытается разузнать у Элис какую-то информацию и поняв, что она потеряла память, берут её и полицейского с собой. Спецназ уходит вглубь особняка через стеклянную дверь (замаскированную под зеркало) до поезда, на котором они добираются до подземной лаборатории. Во время поездки они находят некоего Спенсера, который также потерял память. У Элис начинают появляться воспоминания, связанные со Спенсером. Спецназовцы объясняют Элис, что здесь происходит. Оказывается, что поезд доставил их в «Улей» — секретную лабораторию корпорации «Umbrella» («Зонт»), расположенную под городом Ракун, в которой велись исследования вирусов. Элис и Спенсер — оперативные работники корпорации Umbrella, которые жили в особняке, который, в свою очередь, по сути, является запасным входом в лабораторию. Некоторое время назад центральный компьютер базы «Красная Королева» взбунтовалась и убила весь персонал. Правительство выслало спецотряд, чтобы выключить компьютер. Система безопасности выпустила в особняк нервно-паралитический газ, который и стал причиной амнезии.
Добираясь до покоев «Красной Королевы», погибают командир спецназа и трое солдат, попадав в ловушку в коридоре с лазерами. В живых остаются только Элис, Спенсер, солдат Каплан, Мэтт, Рэйн и Джей Ди. Элис и Каплан, несмотря на все уговоры «Красной Королевы», отключают её.
В результате все закрытые двери открылись, выпустив на свободу весь превратившийся в зомби персонал. Зомби нападают на выживших людей и один из них кусает Рэйн.
В результате жестокой схватки погибает Джей Ди, а Элис и Мэтт отделяются от группы.
Элис узнает, что Мэтт пытался получить образец экспериментального вирусного оружия под названием Т-Вирус с помощью своей сестры Лизы. Этот вирус и стал причиной возникновения зомби. Вирус разрабатывался военными. Элис вспоминает, что Лиза была её контактом, но не может понять свою роль в событиях. Выжившие вновь собираются в покоях «Красной Королевы», где они возвращают её к жизни и просят совета. Королева рассказывает о природе зомби и говорит, как выбраться.
Когда Элис и команда пробираются по канализационным туннелям, на них нападют зомби. Каплан отстаёт от команды и оказывается окружён зомби. Элис вспоминает, что существует анти-вирус, который может спасти Рэйн, но, придя в лабораторию, они не находят колбы с антивирусом. Неожиданно к Элис и Спенсеру возвращается память. Именно Спенсер украл вирус и вызвал катастрофу в лаборатории. Он закрывает всех в лаборатории, а сам убегает. Возле поезда на Спенсера нападает монстр-мутант Лизун. «Красная Королева» предлагает Элис и Мэтту помощь, но взамен они должны убить Рэйн. Положение осложняется тем, что в лабораторию рвётся другой Лизун. В результате, всех спасает Каплан, который смог сбежать от зомби.
Все герои возвращаются к поезду. Элис добивает топором мутирующего Спенсера и забирает чемодан с вирусом. Все садятся в поезд и уезжают из лаборатории. Элис вводит Рэйн анти-вирус. Неожиданно на поезд нападет ещё один Лизун, который убивает Каплана и наносит ранение Мэтту. Элис удаётся пригвоздить язык Лизунa к полу. Мэтт пытается открыть люк в полу, чтобы скинуть Лизунa с поезда, но на его пути встаёт Рэйн, которая всё же превратилась в зомби. Мэтту приходится убить её. Он нажимает кнопку, и Лизун падает на рельсы и погибает, сгорая от удара током контактного рельса поезда.
Мэтт и Элис выходят в особняк, а позади них навсегда запираются двери в лабораторию. Неожиданно Мэтт начинает мутировать из-за раны полученой им от Лизуна. В особняк врываются учёные корпорации «Umbrella» и уносят его. Затем они хватают Элис. Позже она просыпается в госпитале, в городе Ракун. Видимо, её долго тестировали и исследовали. Но сейчас госпиталь будто заброшен. Элис выбирается на улицу и видит кругом разрушения и запустение. Она берет в руки дробовик и готовится к новому кошмару.